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Médico nacido en Paris, Francia. Estudió en la Escuela Militar de Medicina de Estrasburgo y sirvió como cirujano del ejército en la Guerra Franco-Prusiana. En 1878 fue enviado a Argelia como miembro de la Escuela Militar de Medicina de Val-de-Grâce, donde se dedicó a estudiar el paludismo. Fruto de estos estudios fue el descubrimiento del plasmodio, parásito productor de la enfermedad, aunque no consiguió determinar el mecanismo de transmisión de la malaria, que sería descubierto por Ronald Ross unos años más tarde. El 6 de noviembre de 1880 observó por primera vez en el microscopio -en un preparado de sangre de un enfermo de paludismo-, corpúsculos móviles, que dibujó y describió de manera detallada. "Se trata de células pigmentadas, redondas o curvadas en forma de media luna, que se mueven como amebas". En 1894 pasó a prestar servicios en el Instituto Pasteur de París, que llegó a dirigir más tarde. En 1907 fundó el Laboratorio de Enfermedades Tropicales del mismo Instituto. Recibió el Premio Nobel de Medicina en 1907 «en reconocimiento de su trabajo relativo al papel desempeñado por los protozoos en el origen de las enfermedades». Durante la primera guerra mundial, además de ser un miembro de una Comisión de Higiene y Profilaxis, organizó medidas preventivas contra la malaria. En 1912 fue nombrado Comandante de la Legión de Honor.. Fue Director Honorario del Instituto Pasteur en 1915 en su cumpleaños 70 y Presidente de la Academia de Medicina en 1920. Falleció el 18 de mayo de 1922.
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