Nació en Múnich, el 17 de abril de 1946. Estudió Filosofía y Biología en la Universidad de Frieburgo , se doctoró en el Instituto de Inmunología de Basilea. Allí realizo su tesis sobre estudios inmunológicos de la enzima B- galactosidasa bajo la supervisión del profesor Fritz Melchers. Inició sus trabajos post doctorales en el Laboratorio de Biología Molecular de Cambridge, Junto con el Dr. César Milstein, y consiguió desarrollar una nueva técnica que permitía la obtención de anticuerpos puros contra un determinado antígeno. Junto a César Milstein y Niels K. Jerne, Köhler ganó el Premio Nobel en Fisiología o Medicina en 1984, por "trabajar en el sistema inmunitario y en la producción de anticuerpos monoclonales". Una parte de sus investigaciones fue realizada en el Instituto Basel de Inmunobiología. En 1984 se convirtió en director del Instituto Max Planck de Inmunobiología, donde trabajó hasta su muerte en 1995.
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