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Proyecto ENCODE y sus primeros resultados
Es conocido que el 2% del genoma codifica para proteínas funcionales y por empalme alternativo pueden ensamblarse hasta 20 proteínas de uno de los segmentos de ADN conocido como gen. El desconocimiento de las funciones regulatorias del 98% del genoma llamado ADN "basura o chatarra", llevó a la reducción del concepto de gen a unidad estructural y funcional del genoma.
 Hoy, el proyecto piloto ENCODE, en el que han trabajado 442 científicos durante diez años, muestra que la regulación bioquímica de la célula es mucho más compleja de lo que nunca ha podido imaginarse, ya que gran parte del ADN no codificante, que no se expresa en proteínas, tiene funciones regulatorias que pueden relacionarse con enfermedades y convertirse en dianas terapéuticas.
La enciclopedia de los elementos del ADN (proyecto ENCODE) pretende delinear los elementos funcionales para los que codifica el genoma humano y ha centrado su estudio en el ARN no codificante, los transcriptos del empalme alternativo y las secuencias regulatorias.
Operacionalmente definieron como elemento funcional un segmento genómico discreto que codifica para un producto definido (una proteína o un ARN no codificante) o transcribe una marca bioquímica reproducible (proteína de unión, estructura de cromatina específica).
El 1% del genoma en el 60% de los mamíferos tiene similitudes evolutivas.
Algunos de los elementos primate-específicos y los restringidos a los mamíferos, aún con evidencias de selección negativa, se espera que sean funcionales
Clasificando el genoma en 7 estados de la cromatina, indica que ha 399 124 regiones con características intensificadoras y 70 292 regiones promotoras, así como cientos de miles de regiones de quiescencia y los estudios funcionales de alta resolución subdividen el genoma en cientos de estados estrechos con diferentes propiedades funcionales.
Es posible correlacionar cuantitativamente sla producción de ARN y procesar las marcas con los factores de transcripción unidos a los promotores, lo que indica la funcionalidad del promotor en la variación de la expresión del ARN.
Muchas de las variantes de regiones no codificantes en secuencias individuales del ADN descansan en regiones funcionales y son tantas como las regiones que codifican para proteínas.
Los SNP (polimorfismos de nucleótidos simples) asociados con la enfermedad están enriquecidos con otros elementos funcionales que residen, en su mayoría, fuera de las regiones codificantes para proteínas y en muchas ocasiones se asocian a factores de transcripción específicos celulares.
Resumen de los elementos identificados:
El 80% del genoma está compuesto por elementos identificables.
El 62% está representado por tipos diferentes de ARN cercanos a genes o intrones.
El 56% son regiones altamente enriquecidas por modificaciones intrónicas.
Del 2% restante el 15% es de regiones abiertas de cromatina, el 8% sitios de unión a factores de transcripción, y 5% de unión a ADNasa, también los sitios de metilación y las regiones de interacción cromosómicas fueron caracterizadas.
La integración de esta información aporta elementos para la comprensión de los pasos funcionales del genoma.
Puede revisar el artículo a texto completo:
An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome
The ENCODE Project Consortium
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