Aun cuando la voz endoscopia aparece recogida en los diccionarios generales de la lengua, como el Diccionario de la lengua española (2001), sin el acento hiático es generalizado su uso en nuestro país con este acento: endoscopía.
Según el Diccionario de panhispánico de dudas (2005) ambas formas son correctas pues el sufijo scopia o scopía, que integra la palabra, admite las dos acentuaciones: scopia o scopía. Elemento compositivo sufijo (del gr. skopía 'acción de observar o examinar') que forma sustantivos femeninos que designan, por lo general, procedimientos de exploración visual o técnicas de diagnóstico mediante exploración visual: artroscopia o artroscopía, laringoscopia o laringoscopía, microscopia o microscopía, etc. Ambas acentuaciones son válidas. Las formas con hiato (ía), acordes con la pronunciación etimológica griega, suelen ser las preferidas en el español americano; las formas con diptongo (ia), acordes con la pronunciación latina, son las preferidas en España.
Aunque el uso de la voz endoscopía se encuentra generalizado con el acento hiático, la voz endoscopia aparece recogida en el Diccionario de la lengua española (2001) sin tilde y con el siguiente significado:
endoscopia. (De endo- y -scopia). 1. f. Med. Técnica de exploración visual de una cavidad o conducto del organismo. 2. f. Med. Esta exploración. (Depto. Lingüística, ILL).

Tomado de: Dudas sobre el idioma español: http://www.juventudrebelde.cu/dudas-idioma/?page=1&tag=endoscopia