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La primera Academia de Ciencias se fundó, después de muchos años de gestiones con la corona española, el 19 de mayo de 1861 con el nombre de Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana. Con posterioridad a la instauración de la República en 1902, esa Academia continuó con la misma estructura y organización perdiendo en su nombre el adjetivo "Real". En 1962, el proceso revolucionario cubano creó la Comisión Nacional para la Academia de Ciencias de Cuba y por primera vez la Academia adquirió un alcance efectivo a nivel nacional. Como parte del proceso de institucionalización del estado revolucionario, en 1976, con la ley 1323 de la Organización de la Administración Central del Estado, la Academia de Ciencias de Cuba quedó establecida como un organismo administrativo con el status de Instituto Nacional.
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