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 Nace en York, Pennsylvania, Estados Unidos. Experto en Inmunología y Microbiología. Comenzó a trabajar en la sección de Biología Celular del Instituto Nacional de la Salud de Betsheda, Maryland. Pasa un año de investigación en el Instituto Heinrich-Pette de Hamburgo, Alemania. En 1968 se incorpora a la facultad de Medicina de San Francisco, donde continúa trabajando junto a Harold E. Varmus. Bishop y Varmus descubren en la década de los ochenta el primer oncogén humano. Con sus hallazgos se pudo comprender la producción de tumores malignos a partir de cambios que se producen en genes normales de una célula, que no sólo son producidos por virus , sino que también pueden ser producidos por radiaciones, sustancias químicas, etc. Compartió el premio Nobel de Medicina y Fisiología de 1989 con Harold E. Varmus por el descubrimiento del origen celular de los oncogenes retrovirales.
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